「〜が好き」という意味で使うとき、ニュアンス上の違いはありません。
まず、題名で「니가 좋아」と「니를 좋아해」とありますが、どちらも正しい言い方ではありません。
「君が好き」は「네가 좋아」「너를 좋아해」が正しい表記です。
※「네가」は発音が니가なので、SNSなどでは「니가」と書かれることも多いですが、あくまで文法上は間違いの表記です。니를とは言いません。
ニュアンスの違いについての質問ですが、ネイティブはそれぞれ自分の好きな語感で使っており、これといった違いや使い分けなどはありません。
自分で作文するときはどちらでもOKです。
傾向としては、より短く言える좋다の方が日常では多く聞く印象です。
ただし、「(第3者)が〇〇が好きだ」と言うときは、좋아하다の方のみ使用可能で、좋다は使えませんので気をつけましょう。